Monasterio de Suso.
Parece ser que existen restos en Suso desde la época visigoda, aparte de las cellas rupestres donde vivían los monjes. La iglesia mozárabe estuvo formada por las dos naves mozárabes que tenían por cabecera los tramos de la nave visigótica, abriendo en los muros orientales dos arcos mozárabes, y utilizando para separar las naves la arcada y fachada norte del atrio; durante el reinado de Sancho el Mayor fue ampliada prolongando las dos naves con un quiebro en planta manteniendo la iglesia pegada al monte, también son de esta época las dos puertas enfrentadas al final de las naves. Esta ampliación del siglo XI es la obra del primer románico mejor conservada en La Rioja. En el siglo XII se reformó la cueva central dividiéndola en dos estancias, la capilla sepulcral, donde se conserva la lauda de San Millán, y el oratorio con los tres altares tipo hornacina en el muro derecho. (46)

Maestro en marfil, aparece junto con su hijo Rodolfo en una plancha de la urna de San Millán de Cogolla. (De hacia 1170; expuesto en Leningrado). (33)

Su primera fase constructiva sería anterior a la mozárabe, ocuparía la cabecera, con sus dos cámaras abovedadas y dos naves para lelas a las bóvedas. La segunda, mozárabe propiamente dicha, aprovecharía lo anterior y separaría la nave por medio de una arcada de herradura, cada cabecera se cubriría con bóvedas esquifadas. Además se añadirían los nichos de los altares y la puerta de acceso. En el primer tercio del  siglo XI se ampliarían las naves hacia el oeste. En el XII se reforma la cueva de san Millán, convirtiéndola en una capilla-santuario, independizándola del resto de las cuevas. Posteriormente continuarían haciéndose obras. (484)

Lauda del sepulcro de San Millán.
Se conserva en el monasterio de Suso la tapa y sus tenentes, construida al ser muy visitado por peregrinos durante la edad media. Su composición y organización de las figuras obedece a los criterios aceptados del siglo XII. (46) En la cueva encontramos el cenotafio del santo, realizado en alabastro oscuro, se trata de un bloque decoradocon altorrelieve. El santo aparece yaciente rodeado de seis escenas menores: a la derecha de la cabeza hay dos mujeres, en las partes centrales hay monjes arrodillados e imberbes (484)
 

Monasterio de Yuso.
Se comenzó en el año 1053, siendo demolido durante los siglos XVI y XVII a medida que se construía el actual.(46) Se han conservado algunos capiteles y una pila bautismal. (484)

Los marfiles de San Millán.
Los marfiles de las arquetas donde se veneran los restos de San Millán y de su maestro San Felices, se custodian tanto en el Monasterio como en importantes museos nacionales y extranjeros. Las arquetas actuales fueron construidas en 1944, tras la destrucción de las anteriores. (46) El arca de San Millán poseía la tapa a dos aguas formada por seis paneles sujetos con clavitos. La caja poseía en uno de sus frentes una placa en forma de mandorla en la que aparecía Cristo bendiciendo con la mano derecha y la izquierda sujetaba el libro de la ley. En el frente opuesto había varias piedras preciosas engastadas y una placa engastada. Las placas son de marfil y están divididas en dos partes y en ellas se narran hechos de la vida del santo. (484)

Códices del Monasterio de San Millán de la Cogolla; actualmente están en la Real Academia de la Historia y se conservan los siguientes manuscritos: Psalterio y Liber Canticorum del siglo X, con escritura visigótica y decoración en las mayúsculas, algunas de ellas con representaciones zoomorfas. Algunas miniaturas son de tradición románica. El Himnario del siglo XI, reune los himnos que se cantaban en la antigua liturgia, está redactdo en letra visigótica y contiene capitales historiadas, el estilo de las representaciones pertenece al románico pleno. El Comentario al Libro de Daniel, del siglo IX, sus miniaturas son del X. El Misal de San Millán, del siglo XI, con escritura visigótica y de mayúsculas decoradas de manera sencilla. El Antifonario del siglo XII se decoran las iniciales con tonos rojizos, azules, verdes y amarillos, su escritura es carolina. El Vitae Sanctorum, del siglo XI, contiene las vidas de varios santos, se decoran las mayúsculas. Y por último el Beato, parte es mozárabe y otra románica (484)

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